赫斯特荧光染料是亲脂性荧光染料家族成员之一，它可以用来标记细胞膜和其它脂溶性生物结构。当荧光染料与细胞膜结合后，其荧光强度大大增强。随着生命科学的发展及荧光影像技术的不断突破，基于荧光染料的分析手段在生物分子标记领域、药物筛选、外科手术指导甚至癌症的诊断及治疗等领域也发挥着越来越重要的作用。
荧光染料的两个18-碳链插入到细胞膜，从而进行特定的、稳定的细胞染色，几乎不会发生细胞间的染料转移。赫斯特荧光染料荧光染料和其他细胞膜荧光染料如橙色荧光，绿色荧光红色荧光配合使用，为多色成像和流式细胞分析提供了有效的工具。
基因无法进行克隆的则需要用免疫荧光染色等其他技术手段来观察目的蛋白。为此，就需要利用抗体，这些抗体连接各种不同的荧光染料，直接或间接地与相应的靶结构相结合。
此外，借助荧光染料，荧光显微镜技术不只局限于蛋白质，它还可以对核酸、聚糖等其他结构进行染色，即便钙离子等非生物物质也可以检测出来。
荧光蛋白的另一项劣势在于其本身属于蛋白质。因此，细胞内的这些荧光蛋白具有特定的蛋白质特性，其会导致附着的目的蛋白质发生功能紊乱或出现误释的情况。然而，荧光蛋白技术仍然是观察活细胞的选择方法。
免疫荧光法利用了抗体可以和相应抗原特异性结合的这个特性，对此它还有两种不同的表现形式。简单的方式是使用可与目的蛋白相结合的赫斯特荧光染料。
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