蛋白Marker试剂是生物学常用的试剂之一，不仅可以用于直观地监测SDS-PAGE电泳的进程，评估PVDF、尼龙和硝酸纤维素膜的转移效率、还可以用于计量蛋白质的大致分子量。
为何有时有些条带会消失不见？或Marker蛋白高分子量跑着跑着不见了？
可以从以下几方面查找原因：
1、很有可能是蛋白Marker遭到蛋白酶污染而造成降解：可能是跑胶缓冲液遭受蛋白酶（proteinase）污染，或是buffer重复使用太多次，导致长菌以致于有蛋白酶存在，或是上样时反复使用同一支Tip。
解决办法：
（1）上样时避免反复使用同一支Tip。
（2）内槽使用新鲜配置的跑胶缓冲液。
（3）如前面建议，如果实验室太多人同时使用一管蛋白Marker试剂，因为每个人的使用习惯无法控制，建议可以先分成小管，就不会一次污染一整管造成浪费。
2、检查所用凝胶的类型/百分比，凝胶浓度过低可能会导致小分子量条带不能很好分散；反之，则可能会导致高分子量条带不好分散。
凝胶电泳体系的影响排查：如需要排查是Marker的原因还是电泳体系的影响，建议可以在同一块胶上进行对比测试，在同一块胶上电泳疑似问题产品和正常产品，看条带是否有差异，以排除凝胶电泳系统的影响。
3、检查蛋白质标准品的有效期，过期产品可能出现褪色或缺失条带。
4、检查蛋白质标准品的储存条件，储存条件不当也会影响标准品中蛋白质的稳定性。
5、确保蛋白质标准品在装入凝胶前未加热/煮沸，该款蛋白Marker试剂为即用型，加热/煮沸可能会导致标准品中的蛋白质降解。
6、如遇胶上有、而转膜后消失的话，请检查转膜后滤纸上是否有相应Marker条带并调整转印条件。
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